A disputa no Campeonato Brasileiro da Série C segue muito grande, mas não somente em busca da classificação à próxima fase da competição. Com a Série C de 2009 contando com 20 times, e a criação da Série D, apenas os 16 melhores times da Terceirona (exceto os quatro que sobem) garantem presença na Série C do ano que vem.
Assim, além dos classificados para a terceira fase, estarão garantidos na Série C do ano que vem os quatro melhores times da segunda fase que não conseguirem classificação para a fase seguinte. Quem não conseguir vaga para a Série C por índice técnico, terá que disputar vaga para a Série D no seu campeonato estadual.
Confira abaixo como está a disputa pelas quatro vagas para a Série C de 2009. Convém lembrar que alguns destes times ainda poderão se classificar para a próxima fase, como: Sampaio Corrêa, Caxias, Dom Pedro, Luverdense, Holanda, Itabuna, Campinense e Itumbiara.
